Zlovolný Madara vytvoří alternativní svět, kam přenese Naruta a Sakuru. Tato alternativní dimenze je sice částečně stvořena k obrazu nejhlubších přání obou hrdinů, ale jinak je zde vše naruby. Hrdinové si brzy uvědomí, že sem nepatří a začne se jim stýskat po jejich pravém domově a přátelích. Aby se dostali zpátky...
Dva roky uplynuly od chvíle, kdy se trosky Midgaru staly svědectvím obětí přineseným za nastolení míru. Svět však bude brzy čelit nové hrozbě. Rychle se šíří záhadná choroba. Staří nepřátelé jsou znovu na nohou. A Cloud, který opustil život hrdiny a chtěl žít v samotě, se jim musí ještě jednou...