Dva roky uplynuly od chvíle, kdy se trosky Midgaru staly svědectvím obětí přineseným za nastolení míru. Svět však bude brzy čelit nové hrozbě. Rychle se šíří záhadná choroba. Staří nepřátelé jsou znovu na nohou. A Cloud, který opustil život hrdiny a chtěl žít v samotě, se jim musí ještě jednou...
V příběhu se mění roční období a brzy nastane druhé jaro. Tatsuya a Miyuki dokončili první ročník na První kouzelnické střední škole a mají jarní prázdniny. Oba se vydávají do své vily na souostroví Ogasawara Island. Už po malé chvilce klidu se před nimi objeví osamělá mladá žena jménem Kokoa. Opustila námořní...