Na Konohu zaútočí záhadní létající ninjové ze země Oblohy (Sora no Kuni) zničené za druhé velké války ninjů. Během jejich náletu Naruto potkává doktora Shinnou, který pomáhá zraněnému. Později v nemocnici se seznámí i s jeho mladou žačkou Amaru, která se po doktorovi shání, neboť i její vesnice byla napadena....
Čtvrtá válka nindžů skončila před 15 lety. Pět soupeřících vesnic se spojilo, spolupracují a nyní dokonce budou poprvé společně pořádat chuuninskou zkoušku. Naruto Uzumaki je 7. hokage Skryté listové vesnice, z níž se v době míru postupně stalo město s pokročilou moderní technologií, a s Hinatou má dvě děti: syna...
Ne příliš stylově oblečený kreslený hrdina Naruto, oplývající velkou silou ve skrytých bojových schopnostech s několika sobě podobnými kumpány při plnění úkolu pro jednoho starce narazí na maskovaného bojovníka, co by pravou ruku usměvavého pána, který chce ovládnout svět. Jak se příběh odvíjí, Naruto zjišťuje...
Zlovolný Madara vytvoří alternativní svět, kam přenese Naruta a Sakuru. Tato alternativní dimenze je sice částečně stvořena k obrazu nejhlubších přání obou hrdinů, ale jinak je zde vše naruby. Hrdinové si brzy uvědomí, že sem nepatří a začne se jim stýskat po jejich pravém domově a přátelích. Aby se dostali zpátky...
Dva roky uplynuly od chvíle, kdy se trosky Midgaru staly svědectvím obětí přineseným za nastolení míru. Svět však bude brzy čelit nové hrozbě. Rychle se šíří záhadná choroba. Staří nepřátelé jsou znovu na nohou. A Cloud, který opustil život hrdiny a chtěl žít v samotě, se jim musí ještě jednou...
