Dva roky uplynuly od chvíle, kdy se trosky Midgaru staly svědectvím obětí přineseným za nastolení míru. Svět však bude brzy čelit nové hrozbě. Rychle se šíří záhadná choroba. Staří nepřátelé jsou znovu na nohou. A Cloud, který opustil život hrdiny a chtěl žít v samotě, se jim musí ještě jednou...
Ve snaze zachránit opilého bezdomovce, který spadl do dráhy metra, jsou studenti Kei Kurono a Masaru Kato sami sraženi a usmrceni. Jsou ovšem okamžitě přeneseni do místnosti bez nábytku, kde je jen černá koule uprostřed a několik dalších, stejně zmatených lidí. Koule se časem otevře a odkryje spícího muže s dýchací...
