Čtvrtá světová shinobi válka dopadla pro spojenecké vesnice dobře, takže se Naruto pokojně navrátil zpět do Konohy. Na odpočinek však nemůže mít ani pomyšlení, protože se začnou dít podivné věci okolo Měsíce. Věci, které je nutné neodkladně vyřešit, neboť pokud se tak nestane, čeká planetu Zemi zkáza. Naruto tak...
Sakura, Naruto a Sai mají pod velením kapitána Yamata splnit úkol v ruinách legendárního města Rouranu. Zde mají zabránit loutkovému shinobimu Mukademu v otevření ochranné pečeti. Vše se bohužel zvrtne a Naruto s Yamatem se propadají dvacet let do minulosti... Zde je královské město Rouran ještě v plné kráse a Naruto...
Na Konohu zaútočí záhadní létající ninjové ze země Oblohy (Sora no Kuni) zničené za druhé velké války ninjů. Během jejich náletu Naruto potkává doktora Shinnou, který pomáhá zraněnému. Později v nemocnici se seznámí i s jeho mladou žačkou Amaru, která se po doktorovi shání, neboť i její vesnice byla napadena....
Anna Williams, jež pracuje pro G Corporation, pošle čínskou školačku Ling Xiaoyu jako špionku na střední školu do Kjóta, aby tam zjistila co nejvíce o studentovi jménem Shin Kamiya. Annina sestra Nina, která pracuje pro rivalskou korporaci Mishima Zaibatsu, však má o studenta také zájem a vyšle do stejné školy humanoidního...
