V předcházejících bojích proti nestvůrným Andělům pomocí obřích robotů, zvaných Eva, mladí piloti Shinji a Rei byli nuceni nést osud lidstva na svých ramenech. Nyní, Andělé chystají apokalyptický Třetí dopad, který by vyhladil lidstvo. Navíc Shinji a Rei musí sdílet své osudy s dvěma novými piloty Evy, namyšlenou a...
Ve světě, kde andělé nejsou svatí, kde incest je nejvyšší formou lásky a bůh upadl to hlubokého spánku se odehrává příběh Setsuny, znovuzrozeného anděla.