Na Konohu zaútočí záhadní létající ninjové ze země Oblohy (Sora no Kuni) zničené za druhé velké války ninjů. Během jejich náletu Naruto potkává doktora Shinnou, který pomáhá zraněnému. Později v nemocnici se seznámí i s jeho mladou žačkou Amaru, která se po doktorovi shání, neboť i její vesnice byla napadena....
Nindžové s Kekkei Genkai začínají mizet a všichni dávají vinu Ohnivé zemi a její vesnici ukryté v listí. Hrozí vypuknutí čtvrté Velké války nindžů. Začínají se shromažďovat vojska na hranicích Ohnivé země, jejíž vládce se snaží ze všech sil najít pachatele, který je zodpovědný za zmizení nindžů z ostatních...
Poté, co je obviněn z pokusu o vraždu Raikageho, je Naruto poslán do vězení Hózukidžó. Vězení už po generace patří rodině současného velitele Muie. Ten a vůdci Travnaté vesnice se snaží využít Narutovu čakru coby džinčúrikiho k otevření Krabičky splněných přání, protože ji chtějí použít jako zbraň a...
Ve společenstvu duší (Soul Society) má speciální jednotka problémy s mezidimensionálními průzkumníky, kteří záhadně zemřeli v průchodu mezi světy. Při této události se najednou nad Seireitei objevuje obraz do města ve světě lidí - Karakura. Tam hlavní hrdina celého anime Ichigo Kurosaki s Kuchiki Rukiou klasicky...
Velkolepá cesta mladého hrdiny, který se nedobrovolně ocitne v tajemné minulosti plné příšer, draků a podivných skrytých sil. Jun, nesmělý středoškolák, se díky řadě bitev a dobrodružství, které se vymykají tomuto světu, mění v hrdinu předurčeného k boji se zlem a k zajištění harmonie a klidu ve světě.
