Poté, co je obviněn z pokusu o vraždu Raikageho, je Naruto poslán do vězení Hózukidžó. Vězení už po generace patří rodině současného velitele Muie. Ten a vůdci Travnaté vesnice se snaží využít Narutovu čakru coby džinčúrikiho k otevření Krabičky splněných přání, protože ji chtějí použít jako zbraň a...
Na Konohu zaútočí záhadní létající ninjové ze země Oblohy (Sora no Kuni) zničené za druhé velké války ninjů. Během jejich náletu Naruto potkává doktora Shinnou, který pomáhá zraněnému. Později v nemocnici se seznámí i s jeho mladou žačkou Amaru, která se po doktorovi shání, neboť i její vesnice byla napadena....
Nindžové s Kekkei Genkai začínají mizet a všichni dávají vinu Ohnivé zemi a její vesnici ukryté v listí. Hrozí vypuknutí čtvrté Velké války nindžů. Začínají se shromažďovat vojska na hranicích Ohnivé země, jejíž vládce se snaží ze všech sil najít pachatele, který je zodpovědný za zmizení nindžů z ostatních...
Ve společenstvu duší (Soul Society) má speciální jednotka problémy s mezidimensionálními průzkumníky, kteří záhadně zemřeli v průchodu mezi světy. Při této události se najednou nad Seireitei objevuje obraz do města ve světě lidí - Karakura. Tam hlavní hrdina celého anime Ichigo Kurosaki s Kuchiki Rukiou klasicky...
Velkolepá cesta mladého hrdiny, který se nedobrovolně ocitne v tajemné minulosti plné příšer, draků a podivných skrytých sil. Jun, nesmělý středoškolák, se díky řadě bitev a dobrodružství, které se vymykají tomuto světu, mění v hrdinu předurčeného k boji se zlem a k zajištění harmonie a klidu ve světě.
