Píše se rok 2015, 15 let po události, která změnila celý svět - objevení jednoho z andělů. Z obřího Tokya zbyla jen malá pevnost Tokyo - 3, kde sídlí organizace NERV. Právě její vůdce Ikari je ten, který navrhl jedinou účinou zbraň proti andělům - Evangeliony, obrovské roboty. A právě ve chvíli, kdy na město...
V předcházejících bojích proti nestvůrným Andělům pomocí obřích robotů, zvaných Eva, mladí piloti Shinji a Rei byli nuceni nést osud lidstva na svých ramenech. Nyní, Andělé chystají apokalyptický Třetí dopad, který by vyhladil lidstvo. Navíc Shinji a Rei musí sdílet své osudy s dvěma novými piloty Evy, namyšlenou a...