Na Konohu zaútočí záhadní létající ninjové ze země Oblohy (Sora no Kuni) zničené za druhé velké války ninjů. Během jejich náletu Naruto potkává doktora Shinnou, který pomáhá zraněnému. Později v nemocnici se seznámí i s jeho mladou žačkou Amaru, která se po doktorovi shání, neboť i její vesnice byla napadena....
Vůdce Rakeťáků, Giovanni, konečně dopátral. V odlehlé oblasti regionu Johto našel Mewtwoa, kterého se okamžitě snaží odchytit. Ash a jeho přátelé jsou uneseni Dominou, novou členkou Rakeťáků, a zároveň se snaží zachránit Pikachua, kterého zase mají Jessie a James. Pokémonští kloni jsou také odchyceni, a tak se...
Ash, Pikachu a jejich přátelé přicházejí do pouštního města u moře. Zde se setkají s mýtickým pokémonem Hoopou, který má schopnost přivolávat věci - včetně lidí a pokémonů - pomocí svých kouzelných prstenů. Po strašidelném incidentu se dozvídají příběh o statečném hrdinovi, který před dávnými časy zastavil...
