Mladý chlapec Kotaro je pronásledován císařskými vojáky ze své rodné Číny až do Japonska. Zde se setkává s tajemným bezejmeným samurajem bez pána, kterého si najme na svou ochranu. Císařem vyslaní vojáci jsou ovšem dokonale vycvičení zabijáci, kteří díky drogám necítí bolest. Navíc jejich vůdce Rarou, obávaný...
K Ashi, Dawn a Brockovi se připlete roztomilý Pokémon Shaymin, který nevědomky zhatil Giratině, strážkyni Opačného světa, plán pomstít se Dialze. Shaymin se potřebuje dostat do Květinové zahrady na slavnosti za svými druhy, kteří odtamtud odlétají. Jenže to netuší, že po něm jde Zero, který ho potřebuje jako vstupenku...
Ash, Pikachu a jeho přátelé se snaží zastavit dvojici zlodějů, kteří se ukrývají v kanálech a uličkách Altomare, odvěkého hlavního města vod. K dobrodružství se přidávají dva noví legendární pokémoni, dvojice sourozenců Latias a Latios, kteří slouží jako strážci míru a ochránci Soul Dew - neocenitelného pokladu...
Na Konohu zaútočí záhadní létající ninjové ze země Oblohy (Sora no Kuni) zničené za druhé velké války ninjů. Během jejich náletu Naruto potkává doktora Shinnou, který pomáhá zraněnému. Později v nemocnici se seznámí i s jeho mladou žačkou Amaru, která se po doktorovi shání, neboť i její vesnice byla napadena....
Ash a Pikachu se vypraví do města Fula na Větrnou slavnost, kde se ale schyluje k pohromě. Společně s partou podivínů pak musí zabrat a celou akci zachránit!
