Ash, Pikachu a jeho přátelé se snaží zastavit dvojici zlodějů, kteří se ukrývají v kanálech a uličkách Altomare, odvěkého hlavního města vod. K dobrodružství se přidávají dva noví legendární pokémoni, dvojice sourozenců Latias a Latios, kteří slouží jako strážci míru a ochránci Soul Dew - neocenitelného pokladu...
Příběh chlapce a jeho strýce, který je soukromým detektivem, se odehrává v daleké budoucnosti, kdy vedle sebe žijí lidé a roboti, nikoliv však ve shodě. Mnozí roboti jsou nuceni obývat vyhrazené oblasti a je jim přisouzena úloha pouhých lidských sluhů, což samozřejmě nepřispívá ke klidu ani k harmonickému soužití....
Vůdce Rakeťáků, Giovanni, konečně dopátral. V odlehlé oblasti regionu Johto našel Mewtwoa, kterého se okamžitě snaží odchytit. Ash a jeho přátelé jsou uneseni Dominou, novou členkou Rakeťáků, a zároveň se snaží zachránit Pikachua, kterého zase mají Jessie a James. Pokémonští kloni jsou také odchyceni, a tak se...
