K Ashi, Dawn a Brockovi se připlete roztomilý Pokémon Shaymin, který nevědomky zhatil Giratině, strážkyni Opačného světa, plán pomstít se Dialze. Shaymin se potřebuje dostat do Květinové zahrady na slavnosti za svými druhy, kteří odtamtud odlétají. Jenže to netuší, že po něm jde Zero, který ho potřebuje jako vstupenku...
Ash, Pikachu a jeho přátelé se snaží zastavit dvojici zlodějů, kteří se ukrývají v kanálech a uličkách Altomare, odvěkého hlavního města vod. K dobrodružství se přidávají dva noví legendární pokémoni, dvojice sourozenců Latias a Latios, kteří slouží jako strážci míru a ochránci Soul Dew - neocenitelného pokladu...
Shinji se po čtrnácti letech od třetího impaktu dostáva z Unit-01 a zjišťuje, že se změnil nejen svět, ale i lidé, které znal. Jeho nový známý Kawora mu vysvětlí situaci, o které všichni ostatní mlčeli. Když si Shinji uvědomí, že třetí impakt vznikl jeho zásluhou, společně se pokusí vzniklé škody napravit. Ne vždy...
Ash a Pikachu se vypraví do města Fula na Větrnou slavnost, kde se ale schyluje k pohromě. Společně s partou podivínů pak musí zabrat a celou akci zachránit!
