Příběh se odehrává na ostrově, kde má mít své první vystoupení Uta, nejoblíbenější zpěvačka na celém světě, jejíž pravou identitu navzdory její popularitě nikdo nezná. Na její vystoupení se přijde podívat spousta fanoušků, včetně nadšených pirátů, a dokonce se přijdou podívat i Slaměné klobouky s jejich...
Leden 1999: Mikiyova mladší sestra Azaka Kokutou dostala od své učitelky Touko Aozaki příkaz, aby vyšetřila jistý incident, při kterém víly ukradly vzpomínky studentů Azakovy školy, akademie Reien. Azaka se s pomocí Šikiho pustí do vyšetřování.
V polovině října 1998 je Tomoe Enjou napaden rváči ze své bývalé školy a zachráněn Šiki Rjógim. Požádá ji, aby ho u sebe schovala, a přizná se, že někoho zabil. Několik dní po incidentu se o vraždě stále nevysílá, jako by se nestala.
Širo Emija je mladý mág, který navštěvuje akademii Homurahara ve městě Fuyuki. Jednoho dne po úklidu školního lukostřeleckého dódžó zahlédne souboj nadlidských bytostí a zapojí se do Války o svatý grál, rituálu, v němž proti sobě bojují mágové zvaní Mistři se svými Služebníky, aby získali svatý grál. Širo se...
Únor 1999. Oba obřady zmizely před Mikiya Kuroiri. A nepřetržitý případ lovu na vraždu, který se opakuje, aby tomu odpovídal. Před třemi lety se sám označil za vraha. Mikiya přísahal, že bude věřit i nadále. Mikiya začíná vyšetřovat případ vraždy, aby prokázal nevinu obřadu. Mezitím se Mikiya znovu setkává s...
Červen 1998: Po dvou letech strávených v kómatu způsobeném dopravní nehodou se Shiki Ryougi probouzí s amnézií. Navštíví ji Touko Aozaki, čarodějka a majitelka studia Garan no Dou. Šiki ztratila nejen vzpomínky na svou nehodu, ale i jakýkoli reálný pocit, že vůbec žije. Začínají na ni útočit podivné záhadné bytosti...
Srpen 1995: Mikiya se poprvé setkává se Shikim v bílém kimonu během sněžného dne. Později, na slavnostním ceremoniálu prváků na střední škole, Mikiya zahlédne Shiki v davu, pronásleduje ji a představí se jí. Shiki však skrývá velké tajemství: Kolem spousty nevyjasněných případů se objeví vlna podivných vražd a...
Pátá válka o svatý grál pokračuje a následný chaos přináší všem účastníkům vyšší sázky. Shirou Emiya se nadále účastní války a usiluje o to, aby se stal hrdinou spravedlnosti, který všechny zachrání. Vydává se hledat pravdu o tajemném temném stínu a jeho vražedném řádění a je odhodlán ho porazit. Mezitím...
