Rok poté, co se Jintanovi zjevila Menma – zesnulá kamarádka z dětství, se parta Super Peace Busters znovu schází ve své tajné základně, aby Menmě napsali dopis a uctili tak její památku. Během psaní dopisů máme možnost sledovat, jak životy pěti kamarádů pokračují a zároveň nás film provede hlavními událostmi...
V příběhu se mění roční období a brzy nastane druhé jaro. Tatsuya a Miyuki dokončili první ročník na První kouzelnické střední škole a mají jarní prázdniny. Oba se vydávají do své vily na souostroví Ogasawara Island. Už po malé chvilce klidu se před nimi objeví osamělá mladá žena jménem Kokoa. Opustila námořní...
Sakura, Naruto a Sai mají pod velením kapitána Yamata splnit úkol v ruinách legendárního města Rouranu. Zde mají zabránit loutkovému shinobimu Mukademu v otevření ochranné pečeti. Vše se bohužel zvrtne a Naruto s Yamatem se propadají dvacet let do minulosti... Zde je královské město Rouran ještě v plné kráse a Naruto...
