Clannad se odehrává na střední škole v nějakém japonském městě. Okazaki Tomoya je student třetího ročníku, který své studium nebere vážně. Vždy chodí pozdě na vyučování a ostatní spolužáci, kteří jsou zaneprázdněni přípravou na přijímací zkoušky, ho považují za delikventa. Netřeba dodávat, že nemá ani...
Ash, Misty a Brock přijmou pozvání od záhadného trenéra a setkají se tak s uměle vytvořeným pokémonem Mewtwoem, který už se nemůže dočkat prvního souboje.
Vůdce Rakeťáků, Giovanni, konečně dopátral. V odlehlé oblasti regionu Johto našel Mewtwoa, kterého se okamžitě snaží odchytit. Ash a jeho přátelé jsou uneseni Dominou, novou členkou Rakeťáků, a zároveň se snaží zachránit Pikachua, kterého zase mají Jessie a James. Pokémonští kloni jsou také odchyceni, a tak se...
