Příběh filmu pojednává o třináctileté dívce Mei Leeové, která se samovolně proměňuje v obří červenou pandu, ale jen když příliš rozrušená, což je bohužel prakticky neustále. Dívku Mei navíc silně znervózňuje její až příliš starostlivá maminka Ming, která se od své dcery téměř nikdy nevzdálí.
Jsou zelené a dostaly se do kontaktu s radioaktivním odpadem, ale je s nimi sranda, jak s málokterými živočichy. O kom je řeč? No přece o Ninja želvy. Málokterý animák Vás provázel dětstvím, jako tento. Už první záběry z teaseru říkají, že půjde opravdu o velký projekt, který má pod palcem trikový mág Kevin Munroe....
Fred, Velma a Daphne jsou na dovolené v Paříži, ale Scooby a Shaggy ještě nedorazili. Nasedli totiž do špatného letadla, které letí do Himalájí! Tam ale sněžný muž unáší lidi z malého městečka a Scooby s Shaggym jsou jediní, kdo může tuto záhadu vyřešit.
Příběh se točí kolem japonské legendy o samurajovi, který se postavil bratrům – démonům hromu a blesku, aby ochránil život své milované. Démony porazil a jejich moc se přenesla do “meče bouřek”. V soudobém Japonsku je profesor Sakai po otevření starodávného svitku posednut démony, kteří chtějí získat mocný meč...