Dvacet let po událostech filmu Matrix Revolutions žije Neo zdánlivě obyčejný život Thomase A. Anderson v San Francisku, kde mu terapeut předepisuje modré kapsle. On ani Trojice se navzájem nepoznávají. Morfeus mu však nabídne červenou kapsli a znovu mu otevře mysl do světa Matrixu.
Rory a Cobby jsou nesourodí parťáci, zoufalý otec a bývalý trestanec, které náhoda svede dohromady při jedné loupeži. Když se vše zvrtne, nečekaně spojí síly s Roryho terapeutkou, aby unikli policii, zpátečnickým byrokratům i pomstychtivému zločineckému bossovi.
Allisonin život se rozpadne po její účasti na smrtelné nehodě. Nepravděpodobný vztah, který naváže se svým budoucím tchánem, jí pomůže žít život, který stojí za to.
