Dvacet let po událostech filmu Matrix Revolutions žije Neo zdánlivě obyčejný život Thomase A. Anderson v San Francisku, kde mu terapeut předepisuje modré kapsle. On ani Trojice se navzájem nepoznávají. Morfeus mu však nabídne červenou kapsli a znovu mu otevře mysl do světa Matrixu.
Allisonin život se rozpadne po její účasti na smrtelné nehodě. Nepravděpodobný vztah, který naváže se svým budoucím tchánem, jí pomůže žít život, který stojí za to.
Rory a Cobby jsou nesourodí parťáci, zoufalý otec a bývalý trestanec, které náhoda svede dohromady při jedné loupeži. Když se vše zvrtne, nečekaně spojí síly s Roryho terapeutkou, aby unikli policii, zpátečnickým byrokratům i pomstychtivému zločineckému bossovi.
