Příběh filmu se odehrává v období po druhé světové válce, kdy je Japonsko na dně svých sil. Jenomže z jaderného spadu Hirošimy a Nagasaki povstává velké monstrum jménem Godzilla, která zaútočí pár týdnů po skončení války a dostane Japonsko ješte do větších problémů. Podaří se zničeným lidem přežít......
Když se z hlubin Tokijské zátoky vynoří mohutné monstrum, vláda se snaží zachránit své občany. Dobrovolnický tým prochází sítí byrokracie, aby odhalil slabost monstra a její záhadné vazby na zahraniční supervelmoci. Čas však není na jejich straně - největší katastrofa, jakou kdy svět postihl, se chystá rozvinout...
Průkopnický robotik se v roce 2025 probouzí po desetiletích v kryospánku. Aby změnil minulost a znovu se setkal se svou adoptivní sestrou, hledá cestu zpět do roku 1995.