Čtvrtá válka nindžů skončila před 15 lety. Pět soupeřících vesnic se spojilo, spolupracují a nyní dokonce budou poprvé společně pořádat chuuninskou zkoušku. Naruto Uzumaki je 7. hokage Skryté listové vesnice, z níž se v době míru postupně stalo město s pokročilou moderní technologií, a s Hinatou má dvě děti: syna...
Širo Emija je mladý mág, který navštěvuje akademii Homurahara ve městě Fuyuki. Jednoho dne po úklidu školního lukostřeleckého dódžó zahlédne souboj nadlidských bytostí a zapojí se do Války o svatý grál, rituálu, v němž proti sobě bojují mágové zvaní Mistři se svými Služebníky, aby získali svatý grál. Širo se...
Pátá válka o svatý grál pokračuje a následný chaos přináší všem účastníkům vyšší sázky. Shirou Emiya se nadále účastní války a usiluje o to, aby se stal hrdinou spravedlnosti, který všechny zachrání. Vydává se hledat pravdu o tajemném temném stínu a jeho vražedném řádění a je odhodlán ho porazit. Mezitím...