Příběh přesně navazuje na konec prvního filmu. Zásahový oddíl rozhoduje o osudu Erena. Přeživší vojáci se vydávají na cestu, neboť je stále třeba uzavřít prolomené hradby před přílivem dalších titánů. Už tak nelehký úkol ztíží příchod dalších inteligentních obrů.
Bývalý Jankumin žák Odagiri Rju se nyní opět setkává se svou bývalou učitelkou, ale jako nastávající učitel. Jankumi je tu právě od toho, aby ho zaučila. Jenomže její současná třída 3-D není nic výjimečného, je plná výtržníků a budižkničemů. Jeden z nich, Reita, se popere s gangem, přičemž křičí „Držte...
Kapitán Harlock je rebel a již století brázdí vesmírem! Jak to že žije tak dlouho? A proč je rebel – jen proto, že se nemá rád se Spojeneckými silami? Navíc teď čelí spolu se svou chrabrou posádkou těm, kteří si chtějí nechat Zemi jen pro sebe… Legendární kapitán Harlock je zpět!
