Shinji se po čtrnácti letech od třetího impaktu dostáva z Unit-01 a zjišťuje, že se změnil nejen svět, ale i lidé, které znal. Jeho nový známý Kawora mu vysvětlí situaci, o které všichni ostatní mlčeli. Když si Shinji uvědomí, že třetí impakt vznikl jeho zásluhou, společně se pokusí vzniklé škody napravit. Ne vždy...
Koyomi Takasaki se po rozvodu rodičů snaží najít si přátele a potkává Kazune Takigawu, ale zřejmě už je má. Kazune prozradí, že pochází ze Světové linie 85, alternativního vesmíru, ve kterém jsou s Koyomim milenci. Mohl by však v realitě, kde je pohyb mezi dimenzemi přirozený, být Koyomi tím z jiného světa?
